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1) 세액의 확정을 위한 세무조사
상속세나 증여세의 경우는 납세의무자가 신고하더라도 국세청에서 조사결정을 통해서 세금을 확정시킨다. 실제로 상속세의 경우에는 90% 이상이 조사대상에 선정되고 있으며 증여세의 경우에는 특별한 문제가 없는 한 납세자의 신고대로 확정되는 사례가 많다.
2) 대상자 선정에 의한 세무조사
대상자 선정에 의한 세무조사는 정기선정조사로 구분할 수 있다. 정기선정조사란 납세자가 세금을 성실하게 신고하였는지를 검증하기 위해 임의로 대상자를 골라 진행하는 세무조사를 말한다. 정기세무조사의 대상이 되는 경우는 국세청장이 납세자의 신고내역을 분석한 결과 불성실혐의가 있음이 인정되는 경우, 최근 4과세기간이상 세무조사를 받지 않은 자에 대하여 업종이나 규모 등을 고려하여 신고내용을 검증하려는 경우, 무작위추출방식에 의한 표본조사를 하려는 경우 등이 있다. 정확한 사실에 대하여는 국세청에서 공개하고 있지는 않지만 연간 매출액이 3,000억원 이상인 법인은 5년 주기로 순환조사가 이루어지며 연매출액이 3,000억원 미만인 경우에는 신고성실도 평가 또는 무작위추출방식이 주로 사용되고 있는 것으로 추정되고 있다. 정기선정조사의 경우 대기업 또는 중견기업은 해당 법인의 본점관할 지방국세청산하 조사국에서 진행되며 상대적으로 규모자 적은 중소기업은 관할 세무서의 조사과에서 조사가 진행되고 있다. 통상적으로 세무조사착수일 10일 이전에 사전통지서를 보내 납세자에게 세무조사가 있을 것을 알리게 된다. 수시조사는 납세자가 신고, 제출 등의 납세협력의무를 이행하지 않았거나 위장, 가공저래의 혐의가 있는 경우, 탈세제보가 들어온 경우 특정인을 정해서 진행되는 조사를 말한다. 수시조사의 경우 사전통지가 진행되지 않고 당일에 조사가 이루어지기도 하며 정기조사에 비해 훨씬 강도 높은 조사가 진행되게 된다.
3) 조세범칙조사
조세범칙조사는 일반세무조사가 세법상 세무공무원의 질문조사권에 근거해 진행되는 것과는 달리 조세범처벌법에 따라 이미 명백한 세금의 탈세혐의가 드러났을 경우 벌금 또는 경찰, 검찰에 고발할 목적으로 실시하는 준사법적 성격의 조사이다. 일반세무조사가 진행되는 중에도 명백한 탈세에 대한 정황이나 증거가 포착되는 경우 조세범칙조사로 전환하는 것도 가능하다.
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