국세청에서는 세원정보의 확보를 위하여 다양한 기관을 통해 각 분야의 정보를 수집하고 있으며 특히 세원정보과가 정보입수의 핵심적 역할을 하고 있다. 다양한 네트워크를 통하여 청와대, 총리실, 검찰, 경찰, 감사원, 금감원, 각종 인허가 기관 등 이용가능한 모든 기관을 통하여 세금실적, 부동산, 주식, 금융거래, 해외출입실적, 해외재산 등을 파악하고 있으며 인터넷상의 모든 정보까지 분석하고 있다. 특히 수십년간 법인, 개인에 관한 축적된 정보를 보유하고 있다.
1) 인터넷을 통한 정보 확인
기업의 회계자료가 금융감독원 전자공시시스템(dart.fss.or.kr)을 통해 공시되고 있으며, 사업용계좌, 전자세금계산서 제도의 시행, 신용카드자료 및 현금영수증 자료의 수집 등이 광범위하게 이루어지고 있으며 세무공무원이 국세청내부시스템을 이용하여도 세무조사를 실시할 수 있는 체계가 이루어지고 있다.
2) 금융추적조사
국세청은 필요시 납세자의 동의 없이도 금융거래를 추적할 수 있는데 대표적인 예가 PCI분석 시스템과 자금출처조사 등의 사례이다. 대표적인 예인 PCI분석시스템은 국세청이 보유하고 있는 신고소득자료, 재산보유자료, 소비지출과 관련한 자료를 통합 관리해 비교하는 시스템으로 세무조사대상자 선정에 사용되고 있다.
3) FIU 정보의 활용
2001년에 금융정보분석원이 설립되어 자금세탁관련 혐의거래 등을 금융기관으로부터 보고받고 분석해 이를 집행기관에 제공하는 역할을 수행하고 있다. 국세청은 조세범칙사건의 조사에 한정하여 활용하였으나 최근에는 대기업, 고소득자, 역외탈세, 지하경제 등에 대한 부분까지 세무조사를 확대할 예정에 있다.
4) 내부 탈세제보와 포상금 제도
우리나라 대기업의 세무조사로 종종 수천억원의 세금이 추징되는 경우도 있다. 이러한 추징실적의 이면에는 내부 탈세제보, 탈세제보포상금, 시민단체나 소비자단체의 고발 등이 있다. 국세청은 내부탈세제보의 효과를 확대하기 위하여 포상금제도를 활용하고 있다. 탈세제보는 제보자 및 탈세혐의자의 인적사항을 설명으로 기재하고 제보 내용이 사실임을 입증하는 증빙서류 또는 명백하고 구체적인 탈세제보 내용을 기재하여 홈택스, 126번(국세청 세미래 콜센터), 대통령실, 감사원, 국민권익위원회 등으로 제출하게 된다. 탈세제보시에 제보자의 신원은 철저히 비밀보장이 되고 있으며 탈세액이 5천만원 이상인 경우에는 최고 40억원 한도 내에서 5~25% 정도의 금액이 지급되고 있다.
5) 포렌식 역량 강화
디지털 포렌식은 국정원, 검찰청 등 사정기관이 주로 사용하는 수사기법으로서 컴퓨터, 노트북, 휴대폰 등 각종 저장매체나 인터넷 상에 남아 있는 각종 디지털 정보를 분석하여 범죄단서를 찾는 수사기법이다. 대기업 등의 탈세 수법이 지능화 · 첨단화하자 국세청도 2011년 서울지방국세청 산하에 첨단탈세방지담당관실을 신설하고 디지털 증거자료를 수집하고 있다. 납세자가 디지털자료를 조작하거나 훼손하는 경우 역추적, 문서를 위조하는 경우를 조사하기 위한 문서감정 등 포렌식역량을 강화하여 세무조사를 지원하고 있다.
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